藻蓝蛋白是用温和的物理方式，例如离心、浓缩和过滤等方式从螺旋藻中提取而出，整个过程中只添加水作为助剂。
提取过程全程封闭，避免了污染物的混入。提取后的藻蓝蛋白通常以粉末或者液体形式出现，并添加了其他辅料。（例如添加海藻糖使蛋白质更稳定，添加柠檬酸钠调节ph。）
藻蓝蛋白中通常含有肽和蛋白质（10-90%，干重，包括与藻蓝蛋白络合的蛋白质)、碳水化合物和多糖(干重≤65%)、脂肪(干重<1%)、纤维(干重<6%)、矿物/灰分(干重<6%)和水(<6%）。

藻蓝蛋白理化性质

蓝色颗粒或粉末，属蛋白质结合色素，因此具有与蛋白质相同的性质，等电点为3.4。
易溶于水、乙醇等极性溶剂, 其中 在高浓度乙醇中, 色素将发生凝聚。不溶于*、氯 仿等非极性溶剂。
在弱酸性和中性下稳定(pH4.5~8)，酸性时(pH4.2)发生沉淀，强碱可至脱色。
藻蓝色素在40℃以下很稳 定, 温度超过60℃则稳定性明显下降, 溶液颜色由蓝 绿色变为黄绿色。不耐受巴杀、UHT杀菌工艺。
液体或固体状态存在时都极为稳定，且能保存较长时间。